于是在吴宸轩的济南青干院双十二讲话不仅意味着反腐风暴的形成，还成立了一个在政府机构中特立独行的机关----肃贪院
第一任肃清贪污腐化调查院院长是于右任，于伯循原本就是革命党中极少数相对清廉的官员之一，如果在革命党中他也仅能自清而已，但是被吴宸轩从军事企业监察岗位上提拔起来的他，却获得了证明自己的机会。
经过半年多的时间，光是送到他案头等待侦办，涉及的贪腐官员人数达69500件之多，被起诉的就有34000多人，被送上法院的光是市长、县长之类的主官就有11268官员，其中被送去蹲大牢的9821人（还有部分情节轻微仅仅是剥夺官职），而能无罪官复原职的不过寥寥156人而已。这样的数字比例，即使是后世看来令人难以置信。这么大规模的罢黜官员，甚至直接锒铛入狱的情况历朝历代也很罕见。
总座既然要对贪污腐败零容忍，那么这个机构就相当于手持尚方宝剑。不过中国是个人情社会，官场更是如此，那些新旧官僚谁没有个同宗同乡同窗同年的关系，稍微活动一下就能找到靠山了，不过在肃贪院面前这一切似乎都不太管用，据说连熊秉三受人之托想对一位湖南同乡兼同年的好友说个人情，都被于右任断然拒绝，甚至差点被移送情调局进行调查。老熊后来被总座叫去开导，不得不向于右任当面道歉，民间对于能把一国次辅的面子驳得体无完肤的于青天自然是赞誉有加，铁面无私于伯循的名气很快就会直追包拯海瑞了。
之后的居志俊案更是让这个新机构名声大噪。南京政府铁路部部长居志俊，能力相对一些庸官来说是比较强的，但他也陷入到了革命党官场的贪腐旋涡中。共和十一年初，有人向肃贪院书面反映居志俊涉贪，时间，地点，人证皆祥细列出，当时两路(京沪、津浦)负责人合送一笔巨款给居部长，名为特支费，居志俊收下了这笔钱但没有上报，也没有周知同事，而且钱已经花了一部份。于院长决心将此案办到底，毕竟是一位革命党的核心人物，于右任在动手前也谨慎的询问了吴宸轩的意见，得到的是“不光拍苍蝇，更要打老虎”的指示。
借着这半年时间把上万名一方父母官送进监狱和把居志俊等中央政府大佬拉下马的骄人战绩，肃贪院趁机打响了自己的招牌。“肃贪院全力维护中国国内的公平正义，安定繁荣，与全体国民齐心协力，坚定不移，以执法、教育、预防三管齐下，澄清官吏，肃贪倡廉。”的肃贪院宣言让无数有志青年走进了肃贪院的培训学校，而这成批培养的肃贪新锐更是把肃贪的使命带到了全中国的角角落落里。
当官吏们把目光全部集中到肃贪院执法机构的时候，他们怎么也没有想到肃贪院的杀手锏竟然是另外一个看似鸡肋的部门。
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